Python生物信息学数据管理(含源码)

Python生物信息学数据管理(含源码) PDF 完整版

  • 大小:70.7 MB
  • 类型:Python
  • 格式:PDF
  • 热度:786
  • 作者:阿莱格拉、维亚
  • 更新:2019-09-03 14:25:25
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给网友朋友们带来一篇Python相关的资料,由电子工业出版社出版,作者是阿莱格拉、维亚,介绍了关于Python、生物信息学、数据管理方面,格式为PDF,资源大小70.7 MB,目前在Python类资源综合评分为:8.9分。

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书籍介绍

Python生物信息学数据管理(含源码) PDF

生物科学学校的Python课程内容教材内容,合适大学本科课堂教学或制造行业人员的Python短期培训班。这书案例借以处理分子生物学难题,根据“程序编写手法”的方式,包含尽量多的机构、剖析、主要表现結果的对策。在每章末尾都是尤为微生物学术研究设计构思的程序编写题型,合适课堂教学和通过自学。这书由六一部分构成:Python語言基础详细介绍,語言全部成份详细介绍,高級程序编写,大数据可视化,生物信息通用性包Biopython,*后得出20个"程序编写秘籍”,范畴包含了从2级构造分折、多编码序列核对到蛋白三维立体构造的普遍话题讨论。除此之外,这书附则还包含了很多的生物信息常见資源的信息内容。

Allegra Via,意大利罗马首位高校物理系助理教授。研究内容为生物信息学,在生物信息学数据处理方法和Python程序编写层面具备丰富多彩的社会经验。 Allegra Via,意大利罗马首位高校物理系助理教授。研究内容为生物信息学,在生物信息学数据处理方法和Python程序编写层面具备丰富多彩的社会经验。

核心主题:程序编写,生物信息学,語言,数据处理方法,社会经验,助理教授,意大利罗马,生物信息,包含,物理系

目录

  • 第一部分入门
  • 第1章Python shell
  • 1.1本章知识点
  • 1.2案例: 计算ATP水解的ΔG
  • 1.2.1问题描述
  • 1.2.2Python会话示例
  • 1.3命令的含义
  • 1.3.1如何在电脑上运行这个例子
  • 1.3.2变量
  • 1.3.3导入模块
  • 1.3.4计算
  • 1.4示例
  • 1.5自测题
  • 第2章第一个Python程序
  • 2.1本章知识点
  • 2.2案例: 如何计算胰岛素序列中的氨基酸频率
  • 2.2.1问题描述
  • 2.2.2Python会话示例
  • 2.3命令的含义
  • 2.3.1如何执行程序
  • 2.3.2程序如何工作
  • 2.3.3注释
  • 2.3.4字符串变量
  • 2.3.5用for进行循环
  • 2.3.6缩进
  • 2.3.7打印至屏幕
  • 2.4示例
  • 2.5自测题
  • 第一部分小结
  • 第二部分数 据 管 理
  • 第3章分析数据列
  • 3.1本章知识点
  • 3.2案例: 树突长度
  • 3.2.1问题描述
  • 3.2.2Python会话示例
  • 3.3命令的含义
  • 3.3.1读取文本文件
  • 3.3.2写入文本文件
  • 3.3.3将数据收入列表
  • 3.3.4将文本转换为数字
  • 3.3.5将数字转换为文本
  • 3.3.6将数据列写入文本文件
  • 3.3.7计算数值列表
  • 3.4示例
  • 3.5自测题
  • 第4章解析数据记录
  • 4.1本章知识点
  • 4.2案例: 整合质谱数据, 转化到代谢通路中
  • 4.2.1问题描述
  • 4.2.2Python会话示例
  • 4.3命令的含义
  • 4.3.1if/elif/else语句
  • 4.3.2列表数据结构
  • 4.3.3简洁列表创建方式
  • 4.4示例
  • 4.5自测题
  • 第5章搜索数据
  • 5.1本章知识点
  • 5.2案例: 将RNA序列翻译为相应的蛋白质序列
  • 5.2.1问题描述
  • 5.2.2Python会话示例
  • 5.3命令的含义
  • 5.3.1字典
  • 5.3.2while语句
  • 5.3.3用while循环搜索
  • 5.3.4字典搜索
  • 5.3.5列表搜索
  • 5.4示例
  • 5.5自测题
  • 第6章过滤数据
  • 6.1本章知识点
  • 6.2案例: 使用RNAseq输出数据
  • 6.2.1问题描述
  • 6.2.2Python会话示例
  • 6.3命令的含义
  • 6.3.1用简单的for...if组合过滤
  • 6.3.2合并两个数据集
  • 6.3.3两组数据之间的差异
  • 6.3.4从列表、 字典和文件中删除元素
  • 6.3.5保持或不保持顺序地删除重复
  • 6.3.6集合
  • 6.4示例
  • 6.5自测题
  • 第7章管理表数据
  • 7.1本章知识点
  • 7.2案例: 确定蛋白浓度
  • 7.2.1问题描述
  • 7.2.2Python会话示例
  • 7.3命令的含义
  • 7.3.1二维表的表示方法
  • 7.3.2访问行和单元格
  • 7.3.3插入和删除行
  • 7.3.4访问列
  • 7.3.5插入和删除列
  • 7.4示例
  • 7.5自测题
  • 第8章数据排序
  • 8.1本章知识点
  • 8.2案例: 数据表排序
  • 8.2.1问题描述
  • 8.2.2Python会话示例
  • 8.3命令的含义
  • 8.3.1Python列表有利于排序
  • 8.3.2内置函数sorted()
  • 8.3.3用itemgetter排序
  • 8.3.4按升序/降序排序
  • 8.3.5数据结构(元组、 字典)排序
  • 8.3.6按长度对字符串排序
  • 8.4示例
  • 8.5自测题
  • 第9章模式匹配和文本挖掘
  • 9.1本章知识点
  • 9.2案例: 在蛋白质序列中搜索磷酸化模体
  • 9.2.1问题描述
  • 9.2.2Python会话示例
  • 9.3命令的含义
  • 9.3.1编译正则表达式
  • 9.3.2模式匹配
  • 9.3.3分组
  • 9.3.4修改字符串
  • 9.4示例
  • 9.5自测题
  • 第二部分小结
  • 第三部分模块化编程
  • 第10章将程序划分为函数
  • 10.1本章知识点
  • 10.2案例: 处理三维坐标文件
  • 10.2.1问题描述
  • 10.2.2Python会话示例
  • 10.3命令的含义
  • 10.3.1如何定义和调用函数
  • 10.3.2函数参数
  • 10.3.3struct模块
  • 10.4示例
  • 10.5自测题
  • 第11章用类化繁为简
  • 11.1本章知识点
  • 11.2案例: 孟德尔遗传
  • 11.2.1问题描述
  • 11.2.2Python会话示例
  • 11.3命令的含义
  • 11.3.1用类创建实例
  • 11.3.2类以属性的形式包含数据
  • 11.3.3类包含的方法
  • 11.3.4__repr__方法可打印类和实例
  • 11.3.5使用类有助于把握复杂程序
  • 11.4示例
  • 11.5自测题
  • 第12章调试
  • 12.1本章知识点
  • 12.2案例: 程序无法运行时应该怎样处理
  • 12.2.1问题描述
  • 12.2.2Python会话示例
  • 12.3命令的含义
  • 12.3.1语法错误
  • 12.3.2运行时错误
  • 12.3.3处理异常情况
  • 12.3.4未报告出错信息
  • 12.4示例
  • 12.5自测题
  • 第13章使用外部模块: R语言的Python调用接口
  • 13.1本章知识点
  • 13.2案例: 从文件中读取数据, 并通过Python使用R计算其平均值
  • 13.2.1问题描述
  • 13.2.2Python会话示例
  • 13.3命令的含义
  • 13.3.1rpy2和r实例的robjects对象
  • 13.3.2从Python中读取R对象
  • 13.3.3创建向量
  • 13.3.4创建矩阵
  • 13.3.5将Python对象转换成R对象
  • 13.3.6如何处理包含点的函数参数
  • 13.4示例
  • 13.5自测题
  • 第14章构建程序流程
  • 14.1本章知识点
  • 14.2案例: 构建NGS流程
  • 14.2.1问题描述
  • 14.2.2Python会话示例
  • 14.3命令的含义
  • 14.3.1如何使用TopHat和Cufflinks
  • 14.3.2什么是程序流程
  • 14.3.3在程序中交换文件名和数据
  • 14.3.4编写程序包装器
  • 14.3.5关闭文件时的延迟
  • 14.3.6使用命令行参数
  • 14.3.7测试模块: if__name__=='__main__'
  • 14.3.8处理文件和路径
  • 14.4示例
  • 14.5自测题
  • 第15章编写良好的程序
  • 15.1本章知识点
  • 15.2问题描述: 不确定性
  • 15.2.1程序编写存在不确定性
  • 15.2.2程序项目实例
  • 15.3软件工程
  • 15.3.1将编程项目分成小任务
  • 15.3.2将程序分为函数和类
  • 15.3.3编写格式良好的代码
  • 15.3.4使用存储库控制程序版本
  • 15.3.5如何将自己的程序分发给其他人
  • 15.3.6软件开发的周期
  • 15.4示例
  • 15.5自测题
  • 第三部分小结
  • 第四部分数据可视化
  • 第16章创建科学图表
  • 16.1本章知识点
  • 16.2案例: 核糖体的核苷酸频率
  • 16.2.1问题描述
  • 16.2.2Python会话示例
  • 16.3命令的含义
  • 16.3.1matplotlib库
  • 16.3.2绘制竖的柱状图
  • 16.3.3为x轴和y轴添加标注
  • 16.3.4添加刻度
  • 16.3.5添加一个图例框
  • 16.3.6添加图的标题
  • 16.3.7设置图表的边界
  • 16.3.8以低分辨率和高分辨率导出一个图像文件
  • 16.4示例
  • 16.5自测题
  • 第17章使用PyMOL创建分子图像
  • 17.1本章知识点
  • 17.2示例: 锌指
  • 17.2.1什么是PyMOL
  • 17.2.2PyMOL会话示例
  • 17.3用七个步骤来创建高分辨率的图像
  • 17.3.1创建一个PyMOL脚本文件
  • 17.3.2加载和保存分子
  • 17.3.3选取分子的局部
  • 17.3.4为每个选取选择展现形式
  • 17.3.5设置颜色
  • 17.3.6设置摄影位置
  • 17.3.7导出高分辨率图像
  • 17.4示例
  • 17.5自测题
  • 第18章处理图像
  • 18.1本章知识点
  • 18.2案例: 画一个质粒
  • 18.2.1问题描述
  • 18.2.2Python会话示例
  • 18.3命令的含义
  • 18.3.1创建一个图像
  • 18.3.2读和写图像
  • 18.3.3坐标
  • 18.3.4绘制几何形状
  • 18.3.5旋转图像
  • 18.3.6添加文本标记
  • 18.3.7颜色
  • 18.3.8辅助变量
  • 18.4示例
  • 18.5自测题
  • 第四部分小结
  • 第五部分Biopython
  • 第19章使用序列数据
  • 19.1本章知识点
  • 19.2案例: 如何将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列, 并把它写入
  • FASTA文件
  • 19.2.1问题描述
  • 19.2.2Python会话示例
  • 19.3命令的含义
  • 19.3.1Seq对象
  • 19.3.2把序列当成字符串工作
  • 19.3.3MutableSeq对象
  • 19.3.4SeqRecord对象
  • 19.3.5SeqIO模块
  • 19.4示例
  • 19.5自测题
  • 第20章从网络资源中检索数据
  • 20.1本章知识点
  • 20.2案例: 在PubMed中用关键词搜索文献, 下载并解析对应的记录
  • 20.2.1问题描述
  • 20.2.2Python会话示例
  • 20.3命令的含义
  • 20.3.1Entrez模块
  • 20.3.2Medline模块
  • 20.4示例
  • 20.5自测题
  • 第21章使用三维结构数据
  • 21.1本章知识点
  • 21.2案例: 从PDB文件中提取原子名及其三维坐标
  • 21.2.1问题描述
  • 21.2.2Python会话示例
  • 21.3命令的含义
  • 21.3.1Bio.PDB模块
  • 21.3.2SMCRA结构层次
  • 21.4示例
  • 21.5自测题
  • 第五部分小结
  • 第六部分编 程 秘 笈
  • 编程秘笈1: PyCogent库
  • 编程秘笈2: 反向互补和随机化序列
  • 编程秘笈3: 用概率创建随机序列
  • 编程秘笈4: 用Biopython解析多序列联配
  • 编程秘笈5: 从多序列联配中计算共有序列
  • 编程秘笈6: 计算系统发生树的节点间的距离
  • 编程秘笈7: 核苷酸序列的密码子频率
  • 编程秘笈8: 解析Vienna格式的RNA二级结构
  • 编程秘笈9: 解析BLAST的XML输出
  • 编程秘笈10: 解析SBML文件
  • 编程秘笈11: 运行BLAST
  • 编程秘笈12: 访问、 下载和读取网页
  • 编程秘笈13: 解析HTML文件
  • 编程秘笈14: 将PDB文件分割成PDB链文件
  • 编程秘笈15: 在PDB结构上找到两个最靠近的Cα原子
  • 编程秘笈16: 提取两个PDB链间的界面
  • 编程秘笈17: 用Modeller建立同源模型
  • 编程秘笈18: 用ModeRNA分析RNA三维同源模型
  • 编程秘笈19: 从三级结构计算RNA碱基配对
  • 编程秘笈20: 结构重叠的真实实例: 丝氨酸蛋白酶催化三分子
  • 附录
  • 附录A命令概览
  • 附录BPython资源
  • 附录C记录样板
  • 附录D处理目录和用UNIX编程

以上就是本次关于书籍资源的介绍和部分内容,我们还整理了以往更新的其它相关电子书资源内容,可以在下方直接下载,关于相关的资源我们在下方做了关联展示,需要的朋友们也可以参考下。

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